Le CERPHI regroupe des chercheurs travaillant sur l’âge classique au sens large (de l’humanisme aux Lumières). Il s’agit moins d’étudier une œuvre ou un auteur que de situer les matériaux dans lesquels se sont formés les grands systèmes de la pensée classique : reprise des philosophies antiques, prolongation des crises de la Renaissance, de la Réforme et du bouleversement de la physique, étude des foyers nationaux d’élaboration et de circulation de ces matériaux. L’analyse de l’architectonique des systèmes philosophiques se constitue ensuite, fondée sur la conviction que la philosophie est résolument seconde, qu’elle organise ses problèmes et ses héritages à partir de ceux que lui font déchiffrer l’histoire des sciences, du droit ou de la théologie - et qu’elle les bouleverse à son tour. Les principaux thèmes abordés collectivement ont été notamment l’étude des controverses, les passions et l’imagination à l’âge classique, la méthodologie de l’histoire des idées.
Le CERPHI est l’une des équipes constituantes de l’UMR 5037 “Institut d’histoire de la pensée classique”.